¿Por qué el TFM es un tratamiento eficaz para Clostridium difficile?

Parece que no está claro y es probable que sea una combinación de varios factores.

El artículo Fecal microbiota transplantation in relapsing Clostridium difficile infection menciona dos teorías de por qué funciona (y funciona muy bien):

1. La introducción de bacterias capaces de competir con C. difficile reequilibra la microbiota fecal - en circunstancias normales, la EC es superada por otras bacterias (no siempre lo suficiente como para desaparecer, puede encontrarse en aproximadamente 1 de cada 30 personas sanas , pero lo suficiente como para no ser problemática), y sólo puede prosperar tras el uso de antibióticos. Un TFM reintroduce a sus competidores
2. La introducción de la “nueva” bacteria provoca una respuesta inmunitaria que ayuda a erradicar C. difficile

El primer mecanismo es el que he encontrado mencionado también en algunas otras fuentes, por ejemplo en OpenBiome :

Aunque el mecanismo aún está por determinar, se cree que el TFM funciona repoblando el microbioma del paciente con diversos microorganismos que excluyen competitivamente a C. difficile

Otra hipótesis es que la composición de ácidos en las heces se altera significativamente e inhibe el crecimiento de la EC, véase Changes in Colonic Bile Acid Composition following Fecal Microbiota Transplantation Are Sufficient to Control Clostridium difficile Germination and Growth .

Como has señalado, tu cuenco contiene muchos tipos de bacterias, el biodomo. Viven en armonía, equilibradas. Ninguna bacteria puede abrumar a la otra. Son bacterias comensales. https://en.wikipedia.org/wiki/Commensalism

Si, por cualquier razón, como los antibióticos, se eliminan algunas bacterias, a veces no hay manera de restaurar el equilibrio. Un trasplante fecal puede reintroducir las bacterias que faltan, que vuelven a ocupar su lugar y reducen la colonia de c. difficile a un tamaño en el que es útil en lugar de perjudicial. http://www.medscape.com/viewarticle/779307