Aunque activan muchos de los mismos sistemas en ambos casos, creo que su mayor diferencia será lo que activan cuando se excitan, que sería la Dopamina, la Oxitocina, la Serotonina, las Endorfinas, etc. Cuando estás estresado liberarás cortisol que inhibirá la excreción de otros químicos que te hacen sentir bien. Puede que libere los químicos para sentirse bien cuando el estrés haya pasado, dependiendo del tipo de estrés (horrible trabajo diario de un trabajo horrible contra el estrés de ser perseguido por un oso hambriento y escaparse). http://www.thepositivepsychologypeople.com/habits-of-a-happy-brain/
La mayoría del estrés que la gente siente en el mundo moderno desarrollado es más bien de tipo persistente a largo plazo, versus el tipo de nivel de supervivencia. Eso también es largo y prolongado en tales casos, frente a la excitación, que en la sensación intensa, es generalmente más bien breve. No se suele mantener el nivel de excitación ansiosa que impacta en la alimentación, el sueño, etc. a largo plazo. Puedes experimentar todo eso por una buena cantidad de tiempo cuando estás enamorado. Entonces, todavía se acoplaría con los químicos positivos frente a los niveles de cortisol y tal experimentado cuando en cambio son sentimientos negativos que estás experimentando con efectos secundarios similares.